Początek lat 50. Komunistyczne władze PRL prowadzą politykę represji wobec Kościoła katolickiego. Pod pretekstem antypaństwowej działalności aresztowano wielu biskupów i księży. Stefan Kardynał Wyszyński w publicznych wystąpieniach zdecydowanie przeciwstawia się bezprawnemu postępowaniu władz. Bierut postanawia wyeliminować politycznego przeciwnika i odizolować duchowego przywódcę od społeczeństwa. Prymas zostaje aresztowany i osadzony w opuszczonym klasztorze w Stoczku Warmińskim. Razem z nim uwięzieni są ksiądz Stanisław Skorodecki i siostra Leonia, która jest na usługach Urzędu Bezpieczeństwa – ma składać pisemne relacje o wszystkim, co usłyszy. Władze liczą, że szykany oraz presja fizyczna i psychiczna spowodują dobrowolne zrzeczenie się przez Kardynała wszelkich funkcji kościelnych. Jednak żarliwa modlitwa i niezłomna wiara pozwalają mu nie ulec. „Opiekę” nad Prymasem przejmuje Pułkownik, który sprowadza do klasztoru agenta UB Molendę – sobowtóra Wyszyńskiego. Na zorganizowanym przez UB zebraniu biskupów Molenda jako ksiądz Prymas Stefan Wyszyński ma zrzec się zwierzchnictwa nad Kościołem. Jednak ksiądz Skorodecki zdobywa dziennik siostry Leonii, z zapisanymi rozmowami Kardynała, i podczas widzenia przekazuje go swojemu ojcu. Akcja z sobowtórem Kardynała zostaje odwołana… Śmierć Bieruta, bezpośrednio nadzorującego akcję, zbiega się w czasie z przewiezieniem więźniów do Komańczy. Wkrótce po tym Prymas zostaje wypuszczony na wolność.